El Instituto de Educación Secundaria Diego de Siloé comenzó a prestar servicios en el curso 1987/1988. Posteriormente experimentó distintas ampliaciones  la última de ella en el curso 2006-2007  consistente en un nuevo pabellón deportivo.

Debido a su ubicación, nuestros alumnos proceden de la zona sur de Burgos. La mayoría han cursado estudios en el CEIP  “Padre Manjón”, el CEIP "Sierra de Atapuerca", y el CEIP de Villagonzalo Pedernales que están adscritos a nuestro instituto

Por otra parte, la historia del Centro nos demuestra que un número muy considerable de padres tienen expectativas de estudios de nivel superior para sus hijos. De ahí que entendamos que el Centro deba hacer lo posible para dar una preparación académica capaz de colmar estos deseos.